Cũng như đa phần cảng biển đón khách tàu biển tại Việt Nam, vì là cảng tổng hợp vừa làm hàng vừa đón tàu khách nên yếu tố cơ sở hạ tầng cảng Chân Mây chưa thể đáp ứng hoàn toàn nhu cầu đón khách, như thiếu nhà ga hành khách và vị trí đón khách riêng biệt, dùng chung lối đi với tàu hàng. Ngoài ra, một số quy định liên quan đến an ninh khiến việc đưa đón khách du lịch lớn tuổi ra vào cảng gặp trở ngại.

Nhiều hạng mục còn vướng mắc, phát sinh liên quan đến việc hoàn trả các tuyến đường công vụ thuộc Dự án Đầu tư xây dựng cao tốc Cam Lộ - La Sơn qua huyện Phong Điền. UBND huyện Phong Điền đã có văn bản gửi Ban Quản lý dự án đường Hồ Chí Minh, Sở Giao thông Vận tải (GTVT) đề xuất giải quyết dứt điểm nhằm đảm bảo quyền lợi cho người dân.