Dù được quan tâm đầu tư nhưng hệ thống kho cơ sở hạn hẹp về diện tích và trang thiết bị chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế cũng như về lâu dài là khó khăn trong công tác lưu trữ, bảo quản hệ thống tác phẩm mà Bảo tàng Mỹ thuật Huế đang phải đối mặt.

Kho bảo quản cho đến hệ thống trưng bày đều tận dụng lại từ công trình cũ được cải tạo lại nên không phù hợp với công năng bảo tàng; các trang thiết bị dù được đầu tư nhưng vẫn chưa đáp ứng yêu cầu công tác bảo quản hiện vật... là thực trạng mà Bảo tàng Mỹ thuật Huế - bảo tàng công lập thành lập được gần 5 năm qua, đang phải đối mặt. Nỗi lo an toàn cho hiện vật và mong ước có một kho bảo quản bài bản luôn được lãnh đạo đơn vị trăn trở.