Dù có nhiều khó khăn song công tác quản lý thuế thương mại điện tử đã đạt được những kết quả đáng ghi nhận. Tuy nhiên, nếu chỉ dừng ở hoạt động quản lý thuế mà không có sự liên thông giữa các cơ quan liên quan khác thì khó ngăn chặn thất thu trong lĩnh vực này.