Việc sử dụng hóa đơn điện tử mang lại những hiệu quả tích cực song cũng xuất hiện hiện tượng một số tổ chức, cá nhân gian lận trong việc phát hành, sử dụng hóa đơn nhằm chiếm đoạt tiền thuế. Trước thực tế đó, ngành Thuế đã triển khai rất nhiều giải pháp tăng cường quản lý rủi ro về hóa đơn điện tử.