Các gói thầu thuộc Dự án Phát triển cơ sở hạ tầng du lịch hỗ trợ cho tăng trưởng toàn diện khu vực tiểu vùng Mê Kông mở rộng - giai đoạn 2, dự án thành phần Thừa Thiên Huế chưa thể triển khai thi công do vướng mắc công tác giải phóng mặt bằng (GPMB) và thay đổi thiết kế vật liệu.

Cũng như đa phần cảng biển đón khách tàu biển tại Việt Nam, vì là cảng tổng hợp vừa làm hàng vừa đón tàu khách nên yếu tố cơ sở hạ tầng cảng Chân Mây chưa thể đáp ứng hoàn toàn nhu cầu đón khách, như thiếu nhà ga hành khách và vị trí đón khách riêng biệt, dùng chung lối đi với tàu hàng. Ngoài ra, một số quy định liên quan đến an ninh khiến việc đưa đón khách du lịch lớn tuổi ra vào cảng gặp trở ngại.