Không chỉ gặp rất nhiều khó khăn khi sử dụng di tích Quốc Tử Giám (di tích quốc gia đặc biệt thuộc quản lý của Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế) làm trụ sở, Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế còn gặp nhiều hạn chế trong việc trưng bày, áp dụng khoa học công nghệ để phát huy giá trị.