Dù được quan tâm đầu tư nhưng hệ thống kho cơ sở hạn hẹp về diện tích và trang thiết bị chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế cũng như về lâu dài là khó khăn trong công tác lưu trữ, bảo quản hệ thống tác phẩm mà Bảo tàng Mỹ thuật Huế đang phải đối mặt.