Tên thường gọi: Chùa Linh Mụ
Chùa tọa lạc trên đồi Hà Khê, tả ngạn sông Hương, đường Nguyễn Phúc Nguyên, thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên – Huế, cách trung tâm thành phố khoảng 5 km. ĐT: 054.510642. Chùa thuộc hệ phái Bắc tông.
Năm Tân Sửu (1601), chúa Nguyễn Hoàng nhân vào Hóa Châu tuần du, đã đặt chân đến đây, thấy phong cảnh tuyệt đẹp, địa thế tốt lành, ngôi chùa danh tiếng bị hư hỏng. Chúa cho dựng lại chùa, lấy tên "Thiên Mụ Tự".
Đời vua Tự Đức, chùa được đổi tên là "Linh Mụ Tự". Năm 1665, chúa Nguyễn Phúc Tần cho trùng tu ngôi chùa, quy mô kiến trúc còn nhỏ. Năm 1695, Thiền sư Thạch Liêm, người Trung Quốc, được chúa Nguyễn mời làm trụ trì chùa. Từ chùa Thiên Mụ và chùa Khánh Vân (Huế), ngài đã truyền bá Thiền phái Tào Động ở đàng Trong. Năm 1710, chúa Nguyễn Phúc Chu cho đúc đại hồng chung cao 2,5m, nặng 3285 cân. Đến năm 1714, chúa cho đại trùng tu chùa với quy mô lớn, mở an cư kiết hạ trong vườn Tỳ Da suốt tháng, và cho người sang Trung Quốc thỉnh Tam Tạng kinh điển hơn ngàn bộ đem về lưu giữ tại chùa. Năm 1715, công trình hoàn thành, chúa cho dựng bia để ghi nhớ. Tấm bia cao 2,58m, đặt trên lưng con rùa bằng cẩm thạch, có bài minh ca ngợi ngôi danh lam này:
... Phía Nam nước Việt chừ, núi sông đẹp đẽ
Ngôi chùa hùng tráng chừ, cửa Thiền nắng chiếu
Tánh vốn trong sạch chừ, nước chảy róc rách
Đất nước an ổn chừ, bốn cảnh thanh nhàn.
Vào thời nhà Nguyễn, các vua Gia Long, Minh Mạng, Thiệu Trị, Thành Thái đều cho trùng tu chùa. Năm 1844, vua Thiệu Trị cho xây bảo tháp Phước Duyên bảy tầng, hình bát giác, cao 21m, mỗi tầng tôn trí một tượng Như Lai bằng vàng. Trước tháp, vua cho dựng đình Hương Nguyện. Hai bên đình, dựng hai nhà bia. Trước đình, dựng trụ hoa biểu. Chùa bị hư hỏng nặng năm 1943. Từ năm 1945, Hòa thượng Thích Đôn Hậu đã tổ chức công cuộc đại trùng tu kéo dài hơn 30 năm.
Ngôi chùa hiện nay là một trong 16 công trình nằm trong danh mục Di sản văn hóa thế giới (1993) của quần thể di tích Huế. Ngày 28 – 8 – 2003, chùa đã khởi công trùng tu với kinh phí khoảng 15 tỷ đồng do Nhà nước cấp.
Chùa Thiên Mụ là ngôi cổ tự nổi tiếng. Câu ca dao từ bao đời đã để lại trong lòng người dân Huế và du khách đến Huế hình ảnh một cảnh chùa đẹp, thơ mộng bên bờ sông Hương.