Theo đó, đối tượng được ưu tiên đầu tư gồm: Cơ sở giáo dục đại học có tiềm lực mạnh về nhân lực nghiên cứu và triển khai ứng dụng, các đại học, trường đại học trọng điểm; Cơ sở giáo dục đại học đóng ở vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, có vai trò quan trọng trong đào tạo nguồn nhân lực, nghiên cứu và chuyển giao công nghệ phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của vùng; Cơ sở giáo dục đại học đáp ứng các điều kiện quy định, có các chương trình nghiên cứu liên quan đến sản phẩm quốc gia, hướng nghiên cứu ưu tiên của Nhà nước.
Các cơ sở giáo dục đại học trên được ưu tiên đầu tư nếu đáp ứng 4 điều kiện:
1- Có tiềm lực mạnh về nhân lực nghiên cứu, có nhiều nhóm nghiên cứu mạnh, có tỷ lệ tiến sĩ/giảng viên đạt 25% trở lên.
2- Hoàn thành các nhiệm vụ khoa học và công nghệ hàng năm đúng tiến độ, đạt hiệu quả cao; kết quả hoạt động khoa học và công nghệ trong 3 năm liên tiếp được đánh giá xếp loại tốt trở lên.
3- Có doanh nghiệp khoa học và công nghệ hoặc trung tâm nghiên cứu khoa học, có nhiều ứng dụng kết quả nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất và đời sống, mang lại hiệu quả kinh tế - xã hội cao.
4- Tiến hành hoạt động hợp tác quốc tế về khoa học và công nghệ có hiệu quả, có nhiều công trình công bố trên các tạp chí khoa học quốc tế uy tín. Nguồn vốn đầu tư phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ trong các cơ sở giáo dục đại học gồm: Ngân sách nhà nước; nguồn thu hợp pháp của các cơ sở giáo dục đại học; quỹ phát triển khoa học và công nghệ của quốc gia, bộ, ngành, doanh nghiệp; nguồn vốn của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước; nguồn vốn hợp pháp khác.
Nhằm khuyến khích giảng viên nghiên cứu khoa học, Nghị định quy định, giảng viên trong các cơ sở giáo dục đại học được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập cá nhân đối với phần thu nhập từ hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ thuộc lĩnh vực ưu tiên, trọng điểm và các hợp đồng thực hiện tại miền núi, vùng sâu, vùng đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, các giảng viên này còn được thưởng tiền không quá 30 lần mức lương cơ sở chung nếu công bố được 1 bài báo trên tạp chí khoa học quốc tế uy tín trong danh mục ISI, SCI, SCIE. Ngoài ra, được hỗ trợ 50% phí đăng ký bảo hộ quyền tác giả và được tính tương đương 20 giờ giảng dạy lý thuyết nếu công bố được 1 bài báo trên tạp chí khoa học có thang điểm 1 trong danh mục của Hội đồng Chức danh Giáo sư Nhà nước.
Ngoài ra, theo Nghị định, doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân sẽ được miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân, thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế khi: Đầu tư phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ trong các cơ sở giáo dục đại học bằng lợi nhuận trước thuế hoặc bằng lợi nhuận sau thuế; đầu tư phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ trong các cơ sở giáo dục đại học bằng thu nhập trước thuế hoặc bằng thu nhập sau thuế; nhập khẩu trang thiết bị, máy móc nguyên vật liệu để đầu tư phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ trong các cơ sở giáo dục đại học…